在我国，常见的苜蓿病害主要有锈病、霜霉病、褐斑病、白粉病、夏季黑茎病、黑茎和叶斑病、黄斑病和轮斑病。其中以锈病分布最为广泛，其次为霜霉病、褐斑病和白粉病。除了选用抗病品种、用农药防治（如用甲基托布津、福美双等拌种）外，最主要的还是在生产的各个环节（整地、播种、田间管理、利用、收获、加工、储藏以及牧草混播、残茬焚烧等），采取相应的综合农艺措施，减少病害的侵染与传播，提高苜蓿的抗病能力。
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